Трябва да групирате на null _id така че всички services се групират в един документ. Също $unwind масива на услугите преди групиране, в противен случай групата ще ви даде масив от масиви
db.project.aggregate(
{$unwind: '$services'},
{$group: {_id:null, services: {$push: '$services'}}}
)