Трябва да групирате на null
_id
така че всички services
се групират в един документ. Също $unwind
масива на услугите преди групиране, в противен случай групата ще ви даде масив от масиви
db.project.aggregate(
{$unwind: '$services'},
{$group: {_id:null, services: {$push: '$services'}}}
)