Опитах се да свържа регулярния израз, след което да го предам на заявката за mongo, за разлика от regex'ing в рамките на заявката заедно с премахването на кавичките и това изглежда работи. надявам се да помогне на някой друг, който е срещал подобни проблеми
$cats = ['news', 'life', 'humor'];
foreach($cats as $cat){
$prefix = '/^';
$suffix = '/'; // prefix and suffix make up the regex notation for text that starts with
$category = $prefix . 'www.foo.com/' . $cat . $suffix;
$articles = db()->articles->find(['link' => array('$regex'=>new MongoRegex($category))]);
}