От известно време обмислям да използвам тези две заедно, защото данните ми вече са в mongodb. Но не искам да добавя още един DB отгоре на съществуващата архитектура, защото добавянето на neo4j ще изисква повече ресурси, напр. памет, дисково пространство и да не говорим за времето, инвестирано в поддържането на 2 DB.
Друг проблем, за който мога да се сетя, е, че когато споделяте вашите данни с mongodb, вие също ще трябва да управлявате вашите neo4j данни w.r.t. тези нови фрагменти. Мащабирането в neo4j се извършва чрез клъстери и е част от корпоративното издание, което е комерсиално.
Направих допълнително проучване и открих, че OrientDB може да съхранява данните като документи и това е графика db.
Друг начин е да изградите връзките в самата MongoDB и да напишете вашата логика върху това и да изложите тази логика чрез REST API.