Вашата заявка изглежда добре, можете да направите една заявка с помощта на $push
вместо да извършвате ръчен процес,
const { user_id } = req.params;
const subscription = req.body;
const updated_user = await UserModel.findByIdAndUpdate(user_id,
{
$push: {
push_subscriptions: subscription
},
{ new: true }
).exec();