Кратък отговор - не, със сигурност е възможно, но не е разумно.
MongoDB е база данни с документи и не поддържа никакви физически връзки между колекциите. EF е подходящ за релационни бази данни като SQL, MySQL и др. MongoDB работи по-бързо с вградени документи. Така че това са само два различни подхода.