Вземете общ брой чрез db.yourCollection.count()
След това пребройте записа, който има по-голямо число, като използватеdb.yourCollection.find({$gte: value}).count()
Ако общ брой =1000, броете за по-голямо или равно =950, тогава имате 950/1000 - горните 95%
Но ако използвате колекцията си често в режим на четене и рядко в режим на запис, бих предложил да направите нова временна колекция с помощта на MapReduce, за да имате записи {_id:..., percent:...}