Какво работи за мен във Fedora 20:трябва да създаваме временна директория при всяко зареждане и това се обработва от systemd-tmpfiles. И така, създайте файл /lib/tmpfiles.d/mongodb.conf и поставете един ред в него:
d /var/run/mongodb 0755 mongod mongod
Това изглежда се справя при рестартиране; ако не искате да рестартирате веднага, можете да го изпълните с:
sudo systemd-tmpfiles --create mongodb.conf
(Вижте man страниците за systemd-tmpfiles)