Най-вероятно се натъквате на проблеми поради рекорден растеж, вижте http ://docs.mongodb.org/manual/core/write-performance/#document-growth .
Mongo предпочита записи с фиксиран (или поне ограничен) размер. Увеличаването на размера на записа над предварително разпределеното хранилище ще доведе до преместване на документа на друго място на диска, умножавайки вашите I/O с всяко записване. Помислете за предварително разпределяне на „достатъчно“ място за вашия среден документ при вмъкване, ако размерите на вашите документи са относително хомогенни. В противен случай обмислете разделянето на бързо нарастващи вложени масиви в отделна колекция, като по този начин замените актуализациите с вмъквания. Също така проверете вашата фрагментация и помислете за уплътняване на вашите бази данни от време на време, така че да имате по-висока плътност на документи на блок, което ще намали твърдите грешки в страниците.