Може би уведомете mongooose, че наборът от данни се е променил така:
doc.markModified('pathToYourAttribute')
От документите http://mongoosejs.com/docs/schematypes.html
person.anything = { x: [3, 4, { y: "changed" }] };
person.markModified('anything');
Надявам се да помогне!