Може би трябва да използвате "$set" във вашата заявка за актуализиране по следния начин:
{$set: {"name": req.body.name}}, // Update
Повече информация в документацията
РЕДАКТИРАНЕ
Ако не работи, това вероятно е защото няма съвпадение с вашия филтър.
Може би трябва да опитате да съпоставите с ObjectId като този:
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;
// In your request
{ "_id": ObjectID(req.body._id)}, // Filter
Надявам се да помогне.