Mongoose не запазва вложен обект

Попаднах на тази разочароваща ситуация и бях малко изненадан от документираното решение от уебсайта на Mongoose.

така че това означава да запазите вложени свойства на масив/обект (Елемент във вашия случай), трябва да сте изрични при уточняването на промяната .markModified('Item')

var objectToSave = new ModelToSave({
  _id : req.params.id, 
  Item : customObject
});
objectToSave.markModified('Item');
objectToSave.save();

Тъй като това е тип без схема, можете да промените стойността на всичко друго, което искате, но Mongoose губи способността автоматично да открива и запазва тези промени. За да „кажете“ на Mongoose, че стойността на смесен тип се е променила, извикайте метода .markModified(path) на документа, предавайки пътя към смесения тип, който току-що променихте.

-- http://mongoosejs.com/docs/schematypes.html#mixed