И аз съм се сблъсквал с този проблем. И това беше причинено от надграждане на mongodb без изключване на mongo сървъра.
Сега, когато вече имате новата версия на mongodb (кажете от версията на mongo shell). Можете да го разрешите, като просто рестартирате mongod процес.
За стартиране и спиране на mongo процес вижте https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/manage-mongodb-processes
