MongoDB - Развийте масив с помощта на агрегиране и премахнете дубликатите

можете да използвате $addToSet, за да направите това:

db.users.aggregate([
  { $unwind: '$data' },
  { $group: { _id: '$_id', data: { $addToSet: '$data' } } }
]);

Трудно е да ви дам по-конкретен отговор, без да видите действителната си заявка.