Опитайте $unset в извикване на update() .
Като това:
db.collection_name.update({ _id: 1234 }, { $unset : { description : 1} })
И, както коментира vikneshwar, ако искате да премахнете едно поле от всички (или няколко) документи, можете да използвате updateMany() така:
db.collection_name.updateMany({}, { $unset : { description : 1} })
