Това е заявката, която трябва да използвате:
db.collection.update( { "Queries.Results.id":1 }, { $pull: { "Queries.$.Results": {"id":1} } } )
Трябва да посочите клаузата "къде", за да намерите документа за актуализиране. Липсва ви и позиционния оператор $, трябва да го използвате, защото заявките могат да имат множество резултати.