mongoDB различен и къде в същата заявка?

Distinct заявката в mongo с условие работи така

 db.Article.distinct("Comment.Reply.ip",{"Comment.Reply.email" : "xxx"})

а не обратното

РЕДАКТИРАНЕ:

Разбирам проблема сега, за да съпоставим/филтрираме поддокументи, трябва да използваме $elemMatch оператор, като този

  db.Article.distinct("Comment.Reply.ip",{Comment: {$elemMatch: {"Reply.email" : "xxx"}}})

но това няма да работи, ако поддокументът съдържа подмасиви (във вашия случай имате масив от отговори). Има съществуващ проблем $elemMatch в subArray е отворен. И е планирано за mongo 2.1. Можете да разгледате връзката за повече информация