Не мисля, че наистина има толкова голямо значение.
Почти съм сигурен, че форматът ObjectId кодира шестнадесетичен номер, така че вероятно е малко по-ефективен с паметта и честотната лента. Правил съм го и по двата начина. Стига да решите, за всяко поле, как ще го кодирате, ще работи добре.