вашият начин за създаване на mongo bson масив е грешен. Липсват ви частите
mongo.bson.buffer.start.object(buf, "0")
...
mongo.bson.buffer.finish.object(buf)
mongo.bson.buffer.start.object(buf, "1")
...
mongo.bson.buffer.finish.object(buf)
За работещ пример, моля, проверете последния коментар на:https://github.com/mongosoup/rmongodb/issues/17
Надявам се това да работи засега.
Има грешка във всички команди .to.list / .from.list / .append.list. Работя върху по-лесно решение!