Реших проблема, като инсталирах по-старата версия на mongodb на система, за която не беше проблем да я опаковам предварително (е, Windows 10, въпреки че официално е посочено, че пакетът е за Windows Server 2008), копирайки файлове на база данни (съдържание на /var/lib/mongodb ) там, стартирайки го с --dbpath param (mongod --dbpath /path/to/dbfiles ), задаване на флага за съвместимост според документите и накрая копиране на db файловете обратно на сървъра.
Бих искал да знам за по-добра опция, но е добре да знаете, че db файловете могат лесно да се прехвърлят към друга система, дори друга архитектура (въпреки че db беше сравнително прост и малък).
