MongoDB:Как да намерите документ по идентификатор във вложен документ

Използвайте нотация с точки:

Когато полето съдържа вграден документ, заявката може или да посочи точно съвпадение във вградения документ, или да посочи съвпадение чрез отделни полета във вградения документ, използвайки нотацията с точки.

db.coll.find({
   "accounts._id" :ObjectId("5546329a470019850084a611")
})

Ако трябва да изведете само частта от масив, където имате своя _id, трябва да използвате долар в проекцията

Позиционният оператор $ ограничава съдържанието на резултатите от заявката, за да съдържа само първия елемент, съответстващ на документа на заявката.

и вашата заявка ще изглежда така:

db.coll.find({
   "accounts._id" :ObjectId("5546329a470019850084a611")
}, {
   "accounts.$.": 1
})

P.S. ако имате нужда от изхода, както във вашите модифицирани въпроси, използвайте това:

db.coll.find({
   "accounts._id" :ObjectId("5546329a470019850084a611")
 }, {
   accounts : 0
 })