MongoDB $pull масив 2 ниво

Нямате нужда от пълната нотация, тъй като заместителят вече е преместен на тази позиция в масива.

db.junk.update(
    { "commandes.voyagesSouscrits.idVoyage": "123" },
    {$pull: { "commandes.$.voyagesSouscrits": { idVoyage: "123" } }}
)

Тази част:

idVoyage: { <query> }

е необходим само защото позиционният оператор в "commandes.$.voyagesSouscrits " може да съответства само на първия позиция на масива, намерена в заявката.

http://docs.mongodb.org/manual/reference/operator/projection/positional/

Надявам се това да изясни нещата.