Повишете подполета до най-високо ниво в проекцията, без да изброявате всички ключове

С MongoDB 3.4 можете да използвате $objectToArray и $arrayToObject с $replaceRoot за да промените това:

db.wish.aggregate([
  { "$replaceRoot": {
    "newRoot": {
      "$arrayToObject": {
        "$concatArrays": [
          [{ "k": "a", "v": "$a" }],
          { "$objectToArray": "$z" }
        ]
      }
    }
  }}
])

Или дори това дълго заклинание, без дори да се посочи "a" свойство:

db.wish.aggregate([
  { "$replaceRoot": {
    "newRoot": {
      "$arrayToObject": {
        "$reduce": {
          "input": {
            "$filter": {
              "input": { "$objectToArray": "$$ROOT" },
              "as": "r",
              "cond": { "$ne": [ "$$r.k", "_id" ] }
            }
          },
          "initialValue": [],
          "in": {
            "$concatArrays": [
              "$$value",
              { "$cond": {
                "if": {  "$gt": [ "$$this.v", {} ] },
                "then": { "$objectToArray": "$$this.v" },
                "else": ["$$this"]
              }}
            ]
          }  
        } 
      }
    }
  }}
])  

И двете произвеждат:

{ "a" : 1, "b" : 2, "c" : 3 }

Забавното използване на $concatArrays не трябва да е необходимо в бъдещи версии, тъй като ще има $mergeObjects оператор, който ще направи това малко по-чисто.

Но по принцип можете просто да направите същото нещо в клиентския код доста просто. Например в JavaScript за обвивката:

db.wish.find().map( doc => (
  Object.assign({ a: doc.a }, doc.z )
))

Или версията без "a" отново:

db.wish.find().map( doc => 
  Object.keys(doc).filter(k => k !== '_id').map(k => 
   ( typeof(doc[k]) === "object" ) ? 
     Object.keys(doc[k]).map(i => ({ [i]: doc[k][i] }))
       .reduce((acc, curr) => Object.assign(acc,curr),{})
     : { [k]: doc[k] }
  ).reduce((acc,curr) => Object.assign(acc,curr),{})
)

Произвежда същия изход

{ "a" : 1, "b" : 2, "c" : 3 }