Актуализиране на обект на масив въз основа на идентификатора?

Можете да използвате $ позиционен оператор, за да направите това:

db.soup.update(
    {_id: ObjectId("50b429ba0e27b508d854483e"), 'array.id': '2'}, 
    {$set: {'array.$.letter': 'c'}})

$ в обекта за актуализиране действа като заместител за първия елемент от array за да съответства на селектора на заявки.