Предишните отговори не работят в MongoDB 3.4+. Правилният начин да направите това във версия 3.4 и по-нова е да създадете BasicDBObject и да го използвате като параметър на Database.runCommand(). Ето един пример.
final BasicDBObject command = new BasicDBObject();
command.put("eval", String.format("function() { %s return;}}, {entity_id : 1, value : 1, type : 1}).forEach(someFun); }", code));
Document result = database.runCommand(command);