Замяна на вграден документ в масив в MongoDB

Използвате модела "масив от обекти". Можете да използвате позиционния оператор, той трябва да изглежда така:

coll.update( {'_id':'2', 'users._id':'2'}, {$set:{'users.$':{ "_id":2,"name":"name6",... }}}, false, true)

Според моя опит моделът "масив от обекти" не е оптимален, ако обектите имат естествен ID. Във вашия случай това може да се моделира по следния начин:

{
  "_id" : "2",
  "users" : 
    { "1" : { "name" : "name1", "xyz..." : "xyz1..." }, 
      "2" : { "name" : "name2", "xyz..." : "xyz2..." }
    }
  "name" : "main name"
}

В този случай можете да използвате нотацията с точки, за да актуализирате лесно желания елемент.

var newValue = {  "name" : "name6", "xyz..." : "xyz5...", "morefields..." : "fields..." };
coll.update({_id: 2}, { $set: { "users.2" : newValue } });