Хмм без много тестове от моя страна ще кажа, че можете да използвате $cmp
за това:
http://docs.mongodb.org/manual/reference/aggregation/cmp/#_S_cmp
db.test.aggregate([
{$project: {
// All your other fields here
cmp_value: {$cmp: ['$a', '$b']}
}},
{$match: {cmp_value: {$gt: 0}}}
])
Може да има по-добър начин, но нямам инсталация на MongoDB близо до мен, която да тествам.