Как да изравнявам поддокумент на основно ниво в MongoDB?

Можете да използвате проекция на MongoDB, т.е. $project оператори на тръбопроводи на рамката за агрегиране. (препоръчителен начин). Ако не искате да използвате project проверете тази връзка

db.collection.aggregation([{$project{ . . }}]);

По-долу е примерът за вашия случай:

db.collectionName.aggregate
([
    { $project: { a: 1, 'b': '$subdoc.b', 'c': '$subdoc.c'} }
]);

Дава ви изхода, както сте очаквали, т.е.

    {
        "a" : 1,
        "b" : 2,
        "c" : 3
    }