Mongoose не създава индекси

Закачете 'index' събитие в модела, за да видите дали възникват някакви грешки при асинхронно създаване на индекса:

User.on('index', function(err) {
    if (err) {
        console.error('User index error: %s', err);
    } else {
        console.info('User indexing complete');
    }
});

Също така, активирайте регистрирането на грешки на Mongoose, като извикате:

mongoose.set('debug', true);

Регистрирането на грешки ще ви покаже ensureIndex обадете се, за да създадете индекса.