Вие сте толкова близо! Не забравяйте, че вашето най-външно "съдържание" е самият масив. Така че следната промяна на 2 знака работи, използвайте content.$.assets вътре в стойността за $pull.
db.presentations.update(
{'content.assets._id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')},
{$pull: {'content.$.assets': {'_id': ObjectId('4fc63def5b20fb722900010e')}}}
)
Увеличете напред.