Всъщност според документацията,
Ако за полето съществува индекс, тогава MongoDB съпоставя регулярния израз със стойностите в индекса, което може да бъде по-бързо от сканирането на колекция. По-нататъшна оптимизация може да възникне, ако регулярният израз е „префиксен израз“, което означава, че всички потенциални съвпадения започват с един и същ низ. Това позволява на MongoDB да конструира „диапазон“ от този префикс и да съвпада само с онези стойности от индекса, които попадат в този диапазон.
http://docs.mongodb.org/manual/reference/operator/query/regex/#index-use
С други думи:
За /Jon Skeet/ regex ,mongo ще сканира напълно ключовете в индекса, след което ще извлече съвпадащите документи, което може да бъде по-бързо от сканирането на колекцията.
За /^Jon Skeet/ regex ,mongo ще сканира само диапазона, който започва с регулярния израз в индекса, което ще бъде по-бързо.
