Как да вмъкна елемент във вътрешния списък на MongoDB?

Един от начините да го направите е с $push :

db.col.update(
    { name: 'doc', 'list.id': 2 }, 
    {$push: {'list.$.items': {id: 5, name: 'item5'}}}
)

http://docs.mongodb.org/manual/reference/operator/push/

Можете също да замените $push с други оператори като (евентуално) $addToSet за да получите точните резултати, които търсите.