Със сигурност трябва да използвате MongoId обект, напр.
$item = $collection->findOne(array(
'_id' => new MongoId('4e49fd8269fd873c0a000000')));
Бележките на страницата за запитване са малко тъпи, но споменават...
Освен ако потребителят не е посочил друго, полето _id е MongoId. Най-честата грешка е опитът да се използва низ, за да съответства на MongoId. Имайте предвид, че това са два различни типа данни и няма да съвпадат един с друг по същия начин, по който низът „array()“ не е същият като празен масив
