Доколкото знам, уникалните индекси налагат само уникалност в различни документи, така че това ще доведе до грешка с дублиран ключ:
db.cats.insert( { id: 123, kittens: [ { id: 456 } ] } )
db.cats.insert( { id: 123, kittens: [ { id: 456 } ] } )
Но това е позволено:
db.cats.insert( { id: 123, kittens: [ { id: 456 }, { id: 456 } ] } )
Не съм сигурен дали има някакъв начин да наложите необходимото ограничение на ниво Mongo, може би това е нещо, което бихте могли да проверите в логиката на приложението, когато вмъквате актуализация?