Сравнете опциите SET за SSMS и вашите LINQ сесии:
SELECT * FROM sys.dm_exec_sessions
WHERE session_id in (@@SPID, @LINQSESS)
(заменете @LINQSESS с вашия идентификатор на сесията на Linq)
ARITHABORT често е виновникът, вижте дали това решава проблема ви:
new SqlCommand("SET ARITHABORT ON", connection).ExecuteNonQuery();