Първо, уверете се, че имате таблица с такова име:
select * from information_schema.tables where table_schema = 'MyDatabase' and table_name = 'user';
`user' е запазена ключова дума, така че трябва да цитирате името на вашата таблица с обратни точки.
UPDATE
MyDatabase.`user`
SET
MyDatabase.`user`.registeredAt = NOW()
WHERE
MyDatabase.`user`.id = 3;
Когато името на вашата база данни също се нуждае от цитиране, не включвайте както името на базата данни, така и името на таблицата.
Това е погрешно:
`databasename.tablename`
Това е правилно:
`databasename`.`tablename`