Ето отговора, в случай че някой търси и намери страницата.
Грешката е причинена от стари данни в кеша на браузъра и в бисквитки. Почистих кеша на браузъра си, изтрих всички бисквитки на домейна и бисквитките на сесията и всичко изчезна.
Попаднах на ужасна грешка в конфигурацията на разширените функции:
Скриптовете на таблицата за изграждане изискват създаването на таблици от формата "pma__tablename", докато скриптът за конфигурация иска да зареди таблици от формата "pma_tablename". Разликата не е очевидна, но sql скриптът за изграждане на файл има две долни черти. PhpMyAdmin ще се оплаче, че таблицата вече съществува и няма да изгради таблицата. Побърках ме, докато не намерих публикация в този смисъл.
Направих търсене за "pma__" и замених всички с "pma_" и стартирах скрипта на таблиците за изграждане и всичко се уреди.
PhpMyAdmin 4.3.6 вече работи гладко в моята локална система.
Съжалявам за фалшивата тревога, но съобщението за грешка ме изпрати в грешна посока.
