Имах същия проблем и направих лек PHP клас за форматиране/маркиране на синтаксис.
https://github.com/jdorn/sql-formatter
Не съм го тествал напълно със сложни заявки (подизбори, съюзи и т.н.), но изглежда работи доста добре за често срещани случаи.
За да получите напълно точни резултати, наистина се нуждаете от пълен анализатор на SQL, какъвто използва phpMyAdmin, но той използва 10 000+ реда код, разпределен в много файлове и вероятно е излишен за лесно отстраняване на грешки.
