Промяна на променлива на сесия като foreign_key_checks продължава само за времето на сесията. След като отворите нова връзка, опцията по подразбиране е глобалната стойност.
PhpMyAdmin, както всяко PHP приложение, отваря нова връзка за всяка заявка. Така че веднага щом промените foreign_key_checks , затваря сесията, за която сте променили тази опция, и промяната ви е приключила.
Ако искате да промените тази опция, ще трябва да изпълните промяната като част от скрипта за импортиране, така че да се обработва в началото на връзката, която обработва импортирането.
Друга възможност е да го промените с SET GLOBAL ... , но това ще засегне всички сесии, а не само тази, която използвате за своя импорт. Освен това имате нужда от SUPER привилегия да променяте глобалните опции и изглежда нямате тази привилегия.
Редактиране:Друга опция е да махнете отметката „Активиране на проверките на външни ключове“ на етапа на импортиране... 
