Увеличете лимита на паметта на вашия php и времето на скрипта, това е, защото изпълнявате инструкцията на mysql през php сървъра.
Проверете вашия php.ini файл за тези vars:
memory_limit
max_execution_time
Но така или иначе бих го направил през mysql клиента (терминал), проверете mysql doc
LOAD DATA LOCAL INFILE '/path/to/your/csv/file/csv_file.csv' INTO TABLE database_name.table_name FIELDS TERMINATED BY ',' ENCLOSED BY '"' LINES TERMINATED BY '\n';
Документация на Mysql – Синтаксис за зареждане на файл с данни Документация на PHP - Настройки на ядрото на Ini
