Ако вече сте инсталирали MySQL и не сте извършили бавно изключване с помощта на
innodb_fast_shutdown
Флаг, просто отидете във вашата MySQL директория
/var/lib/mysql/
И премахнете регистрационните файлове (Не правете това ако имате нужда от данните от таблицата във вашата база данни до сте архивирали вашата база данни):
ib_logfile0
ib_logfile1
Направете им резервно копие преди, ако имате нужда от тях отново.