Когато ftp файлът всъщност го копира, където очаквате, с правилното име? Може да искате да поставите абсолютния път до файла.
Склонен съм да накарам SSIS пакета да работи от командния ред, преди да се опитам да го стартирам от приложение, по-лесно за отстраняване на грешки по този начин.
