Докато изтриването е малко неудобно да се направи по този начин, можете вместо това да направите актуализация, за да промените данните, при условие че вашите данни са прости (като примера, който дадохте). Следната заявка основно ще раздели двата XML низа в таблици, ще ги обедини, ще изключи ненулевите (съвпадащи) стойности и ще ги преобразува обратно в XML:
UPDATE @table
SET [column] = (
SELECT p.i.value('.','int') AS c
FROM [column].nodes('//i') AS p(i)
OUTER APPLY (
SELECT x.i.value('.','bigint') AS i
FROM @parameter.nodes('//i') AS x(i)
WHERE p.i.value('.','bigint') = x.i.value('.','int')
) a
WHERE a.i IS NULL
FOR XML PATH(''), TYPE
)