ALTER блокиран ли е от споделени ключалки на метаданни, задържани от други изрази? Всеки ALTER изисква изключително заключване на метаданни и като такъв ще бъде блокиран от всеки друг оператор, който използва таблицата.
Проверете монитор на активност , или погледнете в sys.dm_exec_requests и вижте кой блокира вашия ALTER INDEX.