Има ли разлика в методите за транзакция на SMO ServerConnection спрямо използването на свойството SqlConnectionObject?

Двете са еквивалентни. Използването на обект SqlTransaction ви позволява да поставите транзакцията в using обхват:

using(SqlTransaction  trn = conn.BeginTransaction ())
{
 ...
 trn.Commit ();
}

Това е по-добър модел при наличие на изключения.