Възможно ли е да се използва оператор Case в sql From клауза

Не вярвам, че това е възможно. От една страна, оптимизаторите на заявки приемат конкретен списък от подобни на таблица неща в клаузата FROM.

Най-простото решение, за което мога да се сетя, е UNION между двете таблици:

SELECT  md5
FROM    hr
WHERE   @clienttype = 'Employee'
AND     current = 2
UNION
SELECT  md5
FROM    other
WHERE   @clienttype = 'Member'
AND     current = 2;

Само едната половина от UNION може да бъде True, като се има предвид предикатът @clienttype.