Кодът не изглежда правилен ... имате ...WHERE (SELECT...)
КЪДЕ какво?
Сигурни ли сте, че не сте след
SELECT MyCols FROM MyTable WHERE ID IN (...)
ИЛИ
SELECT MyCols FROM MyTable WHERE ID NOT IN (...)
Където (...)
представлява друга селекция, връщаща някакъв вид ID.
В противен случай, разбира се, ще получите таймаут. Този избор може да върне брой и WHERE 1
може да продължи и още и още...