Реших го, като добавих редовете по-долу в App.config:
<configuration>
<system.transactions>
<defaultSettings timeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
и това в Machine.config:
<configuration>
<system.transactions>
<machineSettings maxTimeout="00:01:30" />
</system.transactions>
</configuration>
Тъй като този процес отнема много време, повече от 10 минути, открих, че трябва да презапиша тази стойност с по-висока.