Най-накрая разбрах решението на проблема. В моя въпрос по-горе заявих, че имам само един edmx файл в моя проект. Вярно е в един смисъл. Но грешно в другия смисъл.
Използвам git, за да управлявам кода си. Създадох друг edmx файл в друг проект и използвах препратката към този проект в основния си проект.
След това превключих git клон с dll в .gitignore. Тези dll, които бяха в .gitignore, не можеха да бъдат заменени от git с dlls на новопревключения клон. Така че имах две препратки на edmx файлове в моя проект с напълно изградени dll.
Проблемът беше решен, когато внимателно проверих папката си bin и премахнах dll, който всъщност не принадлежеше към текущия git клон.
Надявам се, че ще ви помогне. Коментирайте тук, ако нещо не е ясно. Благодаря