Най-доброто ми предположение е, че това не е грешка, а функция на Sql 2012.;-) В други контексти ще се радвате да запазите вашите cr-lf, като например при копиране на голяма част от текста. Просто не работи добре в твоята ситуация.
Винаги можете да ги премахнете от избраното от вас. Това ще направи вашата заявка за както възнамерявате и в двете версии:
select REPLACE(col, CHAR(13) + CHAR(10), ', ') from table
