Това е глупава грешка, допусната от мен,
$sql='SELECT [password],[username] FROM customer Where $name=[password] and $pass=[username]';
просто отпечатвам sql заявката, съхранена в променлива $sql, и изпълнявам тази заявка на MSSQL сървъра, заявката идва така,
SELECT [password],[username] FROM customer Where asd=[password] and asd123=[username]
но в sql сървъра трябва да дадем низа в кавичките
$sql="SELECT [password],[username] FROM customer Where '$name'=[password] and '$pass'=[username]";
И работи добре...